Мир РНК — передача функции генетического чертежа от РНК к ДНК

Есть еще один вопрос, который биологи продолжают себе задавать, несмотря на то, что мы все больше и больше узнаем о молекулярно-генетических процессах. Что появилось раньше: ДНК, РНК или белок? Этому вопросу посвящено много исследований. Здесь мы остановимся на основных моментах.

В начале 1980-х годов Томас Кеч (Cech), Сидней Алтман (Altman) и их коллеги открыли ферментативные свойства молекул РНК, которые были названы «рибозимами»[6]. С этого времени появилось много концепций, касающихся «мира РНК». Предполагается, что первой живой молекулой был полимер РНК. Белков, какими мы их знаем теперь, и содержащих ДНК хромосом еще не существовало. В мире РНК микроскопические живые формы были самореплицирующимися молекулами РНК разной длины, от сотен до тысяч оснований. Репликация линейной цепочки РНК контролировалась самой молекулой (рибозимом), определенным образом сложенной. Итак, согласно этой гипотезе, первыми молекулами, способными к само-репликации и, следовательно, к дарвиновской эволюции, были не двойные спирали ДНК, как теперь, а РНК. Репликация же ДНК требует сложного набора специфических ферментов, составляющих «машину репликации ДНК».

Открытие ферментативных функций РНК и ее способности к саморепликации завершило 30—40-летний период попыток рационально объяснить первые шаги молекулярной эволюции жизни. Тот факт, что одноцепочечные молекулы РНК способны сами себя реплицировать и изменять, представлялся с функциональной точки зрения существенным. Сейчас известно, что все матричные процессы копирования, затрагивающие РНК (транскрипция, репликация и обратная транскрипция — рис. 2.4 А, В), склонны к ошибкам.

Это важно для нас, потому что все гены клеточных организмов представлены двухцепочечными молекулами ДНК, чрезвычайно точную репликацию которых осуществляет сложный аппарат (включающий от 30 до 40 разных белков). Высокая точность копирования достигается за счет того, что несколько белков, участвующих в репликации ДНК, занимаются исключительно редактированием и исправлением вновь образуемой копии ДНК. Например, если во время репликации вместо С встанет А, фермент- «редактор» заметит это, так как будет нарушен нормальный процесс спаривания оснований, и вставит на нужное место правильное основание. Если химическое повреждение основания происходит после того, как вновь синтезированная цепочка соединяется с родительской (матрицей), образуется «изгиб» двойной спирали, который запускает редакторские функции ферментного комплекса, вырезающего поврежденную последовательность и синтезирующего заново правильную копию (рис. 2.7). Это сродни процессу, который происходит при проверке полноты данных в ходе передачи электронного сообщения. Вот почему генные мутации, возникающие исключительно на уровне ДНК, — чрезвычайно редкие события. Мутации, которые мы видим, это те мутации, которым удалось пройти сквозь все нормальные редакторские и корректорские кордоны репликационной машины. Репликация ДНК — это процесс копирования очень высокой точности. В самом деле, на каждые миллиард реплицированных оснований остается нераспознанной только одна ошибка.

Таким образом, древний мир РНК представляется «эволюционирующим хаосом», в котором выживали наиболее приспособленные самореплицирующие молекулы. Манфред Эйген (Eigen) с коллегами провели поучительное исследование, которое показало, каким образом склонное к ошибкам копирование РНК и отбор могут давать квази-оптимальную популяцию молекул РНК. Эта популяция молекул РНК способна быстро эволюционировать при изменении окружающей среды.

Одноцепочечная РНК химически менее устойчива, нежели двухцепочечная ДНК. Очевидно, что в какой-то момент далекого эволюционного прошлого ранним формам жизни стало выгодно стабилизировать свой наследственный чертеж. Это послужило началом перехода от мира РНК к миру ДНК. Первый необходимый шаг на пути к миру ДНК — это передача информационной функции от РНК-последовательности к ДНК-последовательности, т. е. появление обратной транскрипции.

Рис. 2.7. Репарация ДНК. Ошибки в ДНК-последовательности оснований, которые передаются по наследству, вносят вклад в генетическую изменчивость популяций и, таким образом, в эволюцию путем естественного отбора. Ошибки, или мутации, редки, потому что аппарат репликации ДНК осуществляет несколько последовательных редакций и проверок молекулярной целостности двойной спирали. На рисунке схематично показан один из типов исправления ошибок, включающий удаление химически измененного или неправильного основания, которое не может спариваться с комплементарным основанием в другой цепи. Короткий участок вокруг неспаренного (или поврежденного) основания удаляется специальными разрезающими ферментами (эндонуклеазами). Образовавшийся пробел заполняется в результате репаративного синтеза ДНК в направлении от 5' к 3'. В качестве матрицы для этого синтеза служит другая цепь.

Наиболее вероятно, что древняя обратная транскриптаза была РНК-ферментом (рибозимом). Появление более сложных белковых обратных транскриптаз произошло позже.

Тем не менее для некоторых РНК-содержащих вирусов, таких как вирус гриппа и ретровирусы, высокий уровень ошибок, свойственный процессу образования РНК, в сочетании с некоторыми другими особенностями генома дает селективные преимущества. Высокий уровень мутирования (примерно одно ошибочное основание на каждую тысячу реплицированных оснований) делает их неуязвимыми перед иммунной системой инфицированного хозяина. Это привело к тому, что даже после появления в ходе эволюции белковых ферментов, РНК сохранилась в качестве вирусного генома. Совсем недавно, в конце 1980-х гг., Элизабет Блакберн (Blackburn) показала, что ферменты, которые строят ДНК-последовательности по РНК матрице на концах хромосом позвоночных (теломерах) путем обратной транскрипции, имеют явную эволюционную связь с вирусными ферментами, копирующими вирусные РНК. Это еще один пример эволюционной значимости РНК.

Почему мы придаем такое огромное значение этому шагу молекулярной эволюции? Потому что далее мы покажем насколько важна обратная транскрипция для всех современных ламарковских идей о существовании обратной связи генов, которая делает возможным наследование приобретенных соматических мутаций.

Глава 3

ИММУННАЯ СИСТЕМА

Организм человека постоянно подвергается нападению агрессивных патогенных вирусов и бактерий. Как иммунной системе удается отбивать эти атаки? Как она различает, где «свои» и где «чужие»? Каким образом наш организм быстро создает целые армии новых антител для борьбы с доселе неизвестными патогенами? Каковы механизмы иммунологической памяти, позволяющей клеткам иммунной системы эффективнее бороться с возбудителем при повторной встрече с ним. Если хоть на минуту задуматься над этими вопросами, можно понять, что научное и философское значение ответов на них выходит за узкие рамки иммунной системы. Именно поэтому иммунная система столь интересна для исследования, а за работы, раскрывающие механизмы иммунитета, присуждено так много Нобелевских премий.

В этой и двух следующих главах (гл. 4 и 5) мы расскажем о развитии иммунологии, об эволюции иммунной системы позвоночных и о современных молекулярно-генетических исследованиях в этой области. По мере того как мы находим ответы на поставленные вопросы, нашим глазам открываются все новые научные, практические и этические проблемы. В свете этих новых знаний, многое из того, что раньше нам казалось незыблемым, сейчас представляется спорным. В иммунологии сошлись все современные идеи генетики, теории развития и теории эволюции. Наша задача показать, что недавние научные открытия ставят под вопрос неодарвинистские концепции эволюции. В гл. 6 мы изложим свои представления о том, как сложные молекулярные процессы в иммунной системе могут приводить к переносу генетической информации из соматических клеток в половые. Эта концепция составляет главную тему нашейкниги, а именно что признаки, приобретенные в течение жизни, могут передаваться потомкам.

Таблица 3.1. Основные понятия иммунологии

• Антиген

Антигены - чужеродные белки и углеводы, которые стимулируют образование специфических антител, связывающихся с данным антигеном, но не с другими неродственными антигенами. Собственные антигены - белки или углеводы, которые являются составной частью данного организма. В норме иммунного ответа против собственных антигенов нет.

• Антигены гистосовместимости/киллерные Т-клетки

Антигены гистосовместимости называются также антигенами главного комплекса гис-тосовместимости, или ШС-антигенами. Эти антигены проявляются в большинстве клеток тела. Киллерные Т-клетки одного индивида могут распознавать МНС-антигены другого неидентичного индивида и реагировать на них, отторгая пересаженные ткани. МНС-антигены также действуют как антигенпрезентирующие структуры, например, представляя фрагменты вирусных белков (пептиды) киллерным Т-клеткам, активируя их и заставляя атаковать и лизировать зараженные клетки.

• Антитело

Белок, продуцируемый В-лимфоцитом (белая кровяная клетка) в ответ на чужеродный антиген (бактериальные клетки, вирусные частицы и их токсичные продукты). Типичное строение имеет иммуноглобулин G (IgG) - белковый гетеродимер (рис. 3.2). Существует множество разных антител, каждое из которых распознает определенный антиген.

• Вариабельная (V-) область/антигенсвязывающии центр

На концах как Н-, так и 1-цепей находится вариабельная (изменчивая) последовательность аминокислот (рис. 3.2). Эта область называется также антигенсвязываю-щим центром. V-области образуют антигенсвязывающий центр антитела (или Т-кле-точного рецептора).

• В-лимфоциты

Развивающиеся в костном мозге белые кровяные клетки, продуцирующие антитела. В-клетки связываются и отбираются антигеном, что приводит к активации выделения антител или пролиферации клеток.

• Гаптены

Небольшие химические соединения (бензольные кольца и их производные), созданные химиками, которые сами по себе не способны вызвать образование антител. Если гаптены присоединены к крупному «носителю» (чужеродному белку), их можно использовать для индукции анти-гаптеновых антител.

• Гены «домашнего хозяйства»

(от англ. housekeeping - домашнее хозяйство) Все жизненно необходимые гены, белковые или РНК продукты которых существенны для основных функций клетки (например, ферменты энергетических путей, ферменты репликации ДНК и т.д.)

• Иммуноглобулин

Название белка антитела, сокращенно Ig. Существует пять классов иммуноглобули-нов: 1дМ, IgD, IgG, IgA, IgE. Классификация основана на последовательности аминокислот С-областей Н-цепей; каждый класс Ig выполняет свою функцию.

• Клональная селекция/специфичность антител

На поверхности каждой отдельной зрелой В-клетки проявляются антитела одной специфичности, т.е. для синтеза каждой молекулы Ig используется один набор генов вариабельной области антитела. Чужеродный антиген, попадающий в организм, стимулирует только те В-клетки, с которыми он может связываться. Эти клетки активируются и начинают делиться (пролиферируют), образуя клон специфичных В-клеток, причем все потомки имеют идентичную специфичность (рис. 4.1).

• Константная (С) область/классы иммуноглобулинов

Аминокислотная последовательность молекулы антитела, которая не принимает участия в связывании антигена и, следовательно, не меняется от одной молекулы к дру-⁸ гой. Константные С-области тяжелых цепей определяют функцию антитела, например, способность запустить фагоцитоз. С-области тяжелых цепей подразделяются на пять основных типов последовательностей (и, следовательно, функций), называемых классами иммуноглобулинов (см. выше).

• Протестом

Единица «защиты» определена как минимальная критическая концентрация специфичного антитела в крови, необходимая для защиты против инфекции.

• Т-лимфоциты

Развивающиеся в тимусе белые кровяные клетки, на поверхности которых экспресси-руются сходные с антителами молекулы, называемые Т-клеточными рецепторами (ТкР). Существует два типа Т-клеток: киллерные Т-клетки и хвлперные Т-клетки.

• Фагоциты/фагоцитоз

Фагоциты - белые кровяные клетки, которые захватывают (фагоцитируют) и переваривают бактерии и клеточные обломки.

• Цитокины/интерфероны

Белки, выделяемые активированными хелперными Т-клетками, которые дают сигналы к активации и дифференцировке другом белым кровяным клеткам, включая другие Т- и В-клетки.

Начать это путешествие в знание мы должны с объяснения некоторых понятий. Нам необходимо рассмотреть наиболее важные клетки, молекулы и гены иммунной системы и дать определения основных терминов (табл. 3.1 и 5.1).

Не нашли, что искали? Воспользуйтесь поиском по сайту: